Die Winkels Getränke Logistik GmbH ist nach Kriterien der Öko-Kontrollstelle Prüfgesellschaft ökologischer Landbau mbH (DE-ÖKO-007) bio-zertifiziert. Zu den in der EG-Öko-Verordnung 834/2007 festgelegten Kriterien zählen unter anderem die getrennte Lagerung von Bio- und konventionellen Erzeugnissen sowie die Trennung im Verkaufsraum und eindeutige Kennzeichnung des Bio-Sortiments in den gesamten Verkaufsunterlagen.